git add のオプション -u -A -all . の違い

オプションなしの基本動作

指定したファイルをインデックスに登録

git add <your file name>

git add -u

ワーキングツリー全体において、変更されたファイル、削除されたファイルをadd
gitの管理下にない新規追加されたファイルはaddされない

git add -A

ワーキングツリー全体において、変更されたファイル、削除されたファイルをadd
そして、gitの管理下にない新規追加されたファイルもaddされる
git add -allとしても同様

git add .

git add -A と挙動は同じだが、対象範囲が異なる。
git add -A はワーキングツリー全体に作用するが、git add . はカレントディレクトリ以下に作用する。

参考

ドキュメント
Git - git-add Documentation
ドットインストール
https://dotinstall.com/lessons/basic_git/6708